Sexuologický ústav poskytuje léčebnou a poradenskou péči pacientům a pacientkám s problémy v pohlavním životě. Součástí klinické práce ústavu je zejména:
- diagnostika a léčba sexuálních poruch,
- diagnostika a léčba poruch sexuální identifikace,
- diagnostika a léčba parafilií (sexuálních deviací),
- posuzování a ochranné léčení pachatelů sexuálních deliktů,
- vyšetřování a léčba poruch plodnosti muže,
- spermiologická laboratoř,
- poradenská, diagnostická a terapeutická péče o děti a mladistvé s poruchami sexuálního chování,
- poradenská, diagnostická a terapeutická péče o děti a mladistvé s poruchami vývoje pohlavních orgánů.
Poskytované poradenské služby zahrnují též antikoncepci a poradenství o sexuálních aspektech HIV/AIDS (včetně anonymního testování).