Ústav je komplexní a konsiliární pracoviště v oboru soudní lékařství, zajišťující autoptická vyšetření i za použití speciálních metodik imunohistochemie. Ústav soudního lékařství pokrývá posudkovou činnost pro orgány činné v trestním řízení na území hl. m. Prahy a ve Středočeském kraji. Mimo základní patomorfologickou diagnostiku je ústav výzkumně zaměřen na průkaz vitální reakce poranění, forensní neuropatologii, onemocnění srdce a cév a diagnostiku patomorfologických změn u osob závislých na omamných a psychotropních látkách. Průběžně jsou využívány nové metody pro imunohistochemická vyšetření. Pracovníci ústavu provedou ročně 1200 pitev zemřelých osob náhlou a násilnou smrtí.